Cell In Silico


Molecules - Sequence - Disease

Some little Unix notes for myself

August 20, 2019 | 0 Minute Read

  1. When tab completion does not work
    • maybe it’s because you’re using a different shell
    • echo $SHELL to confirm
    • 上次不知道為什麼預設的就是 sh 而不是我喜歡的 bash
  2. Some computers don’t eat .bashrc
    • they might prefer .bash_profile
    • add source $HOME/.bashrc to .bash_profile to make it work again
  3. dos2unix
    • 因為在 cluster 上 jupyter notebook 要 port forward 來 forward 去,所以學姐分享給我一份 shell script 是她寫來 forward 的東西
    • 但是他把 shell script 傳到 email 寄給我,我 download 下來一直出現 syntax error
    • 後來發現可能因為是他是 mac 我是 unix 的 shell 所以格式不同
    • use dos2unix to fix the shell script
  4. when you can’t sudo
    • make 以前 先 ./configure --prefix $HOME/WHATEVER_YOU_WANT
    • reference
  5. working on clusters 還在學 OTZ
    • need to specify how much memory you want
    • some very useful guide here
    • 在 shell script 裡可以 #$ 設定 qsub的參數